Wojewódzki Szpital Zespolony im. L. Rydygiera w Toruniu jest samodzielnym publicznym zakładem opieki zdrowotnej. Podmiotem tworzącym i sprawującym nadzór nad Szpitalem jest Województwo Kujawsko-Pomorskie.
Wojewódzki Szpital Zespolony im. L. Rydygiera w Toruniu działa na podstawie:
- zarządzenia nr 56/75 Wojewody Toruńskiego z dnia 5 września 1975 roku w sprawie utworzenia Wojewódzkiego Szpitala Zespolonego w Toruniu,
- ustawy z dnia 15 kwietnia 2011 roku o działalności leczniczej,
- innych przepisów dotyczących podmiotów leczniczych,
- statutu.
Szpital jest wpisany do rejestru podmiotów wykonujących działalność leczniczą prowadzonego przez wojewodę kujawsko – pomorskiego pod numerem księgi rejestrowej nr 000000002403 oraz w Krajowym Rejestrze Sądowym prowadzonym przez Sąd Rejonowy w Toruniu VII Wydział Gospodarczy Krajowego Rejestru Sądowego pod nr 0000004086.
W dniu 8 listopada 2010 roku Wojewódzki Szpital Zespolony im. L. Rydygiera w Toruniu połączył się z Wojewódzkim Szpitalem Dziecięcym w Toruniu oraz Samodzielnym Wojewódzkim Centrum Stomatologii w Toruniu w jeden samodzielny publiczny zakład opieki zdrowotnej. Połączenie zakładów opieki zdrowotnej nastąpiło w trybie art. 43h ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 1991 roku o zakładach opieki zdrowotnej oraz na mocy Uchwały XLI/1015/09 Sejmiku Województwa Kujawsko-Pomorskiego z dnia 23 grudnia 2009 roku w sprawie połączenia samodzielnych publicznych zakładów opieki zdrowotnej.
W dniu 31 grudnia 2012 roku Wojewódzki Szpital Zespolony im. L. Rydygiera w Toruniu połączył się z Wojewódzkim Szpitalem Obserwacyjno – Zakaźnym w Toruniu, Wojewódzkim Ośrodkiem Lecznictwa Psychiatrycznego w Toruniu oraz Wojewódzką Stacją Pogotowia Ratunkowego w Toruniu. Połączenie zakładów opieki zdrowotnej nastąpiło w trybie art. 66 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 15 kwietnia 2011 roku o działalności leczniczej oraz na mocy Uchwały XVI/291/11 z dnia 19 grudnia 2011 roku w sprawie połączenia samodzielnych publicznych zakładów opieki zdrowotnej.