Organizacja wewnętrzna Szpitala została określona w Statucie i Regulaminie Organizacyjnym Wojewódzkiego Szpitala Zespolonego im. L. Rydygiera w Toruniu.
Wojewódzkim Szpitalem Zespolonym im. L. Rydygiera w Toruniu kieruje i reprezentuje go na zewnątrz Dyrektor. Dyrektor samodzielnie podejmuje decyzje dotyczące Szpitala i ponosi za nie odpowiedzialność. Dyrektor kieruje Szpitalem przy pomocy Zastępcy Dyrektora ds. Lecznictwa – Naczelnego Lekarza, Zastępcy Dyrektora ds. Administracyjno-Technicznych, Zastępcy Dyrektora ds. Finansowych oraz Głównego Księgowego.
Dyrektor może powołać Koordynatorów do spraw: Pediatrii, Stomatologii, Chorób Zakaźnych, Psychiatrii, Ratownictwa Medycznego lub koordynatorów do spraw innych dziedzin medycyny.
W skład Szpitala wchodzą zakłady lecznicze:
1. Wojewódzki Szpital Zespolony,
2. Wojewódzki Zespół Opieki Ambulatoryjnej,
3. Wojewódzki Szpital Psychiatryczny Całodobowy,
4. Wojewódzki Zespół Psychiatryczny Ambulatoryjny
W skład zakładów leczniczych wchodzą jednostki i komórki organizacyjne o charakterze medycznym oraz komórki organizacyjne działalności niemedycznej i pomocniczej oraz samodzielne stanowiska pracy.
Strukturę organizacyjną zakładów leczniczych oraz zakres udzielanych świadczeń zdrowotnych określa Regulamin Organizacyjny ustalony przez Dyrektora Szpitala i pozytywnie zaopiniowany przez Radę Społeczną Szpitala na podstawie art. 48 ust. 2 pkt 2 lit. f ustawy z dnia 15 kwietnia 2011 roku o działalności leczniczej.
